Co do zasady, podstawą opodatkowania w imporcie towarów jest wartość celna powiększona o należne cło. Podstawową formą określenia wartości celnej jest jej odniesienie do wartości transakcyjnej. Powyższą kwestię regulują przepisy Wspólnotowego Kodeksu Celnego, zgodnie z którym wartością celną jest wartość transakcyjna, tzn. cena faktycznie zapłacona lub należna za towar sprzedany na eksport na terytorium celne Wspólnoty. Do tak ustalonej wartości transakcyjnej dodaje się m.in. koszty transportu przywiezionych towarów, które to zostały poniesione do miejsca, w którym towary zostały wprowadzone na terytorium celne Wspólnoty. Powyżej określony sposób ustalania podstawy opodatkowania w podatku od towarów i usług powoduje, że obowiązki w zakresie podatku VAT, determinują obowiązki związane z usługą transportu towarów.
Wobec powyższego, zgodnie z zasadami określonymi w ustawie o VAT, wpłata podatku z tytułu importu towarów, powinna być dokonana w terminie 10 dni, licząc od dnia powiadomienia importera przez organ celny o wysokości należności podatkowych, a gdy organ celny do takiego powiadomienia nie jest zobowiązany, podatnik jest zobowiązany do zapłaty kwoty i należnego podatku w terminie i na warunkach określonych dla uiszczenia cła, również gdy towary zostały zwolnione od cła lub stawki celne zostały zawieszone albo obniżone do wysokości 0%. Do poboru podatku należnego z tytułu importu towarów zobowiązany jest naczelnik urzędu celnego. Z powyższego mechanizmu poboru podatku VAT wynika, że najpierw należy zapłacić kwotę należności celnych wraz z VAT, a dopiero później możliwe jest obniżenie podatku należnego o podatek naliczony wynikający z dokumentu celnego. Wobec powyższego istnieje konieczność zapłaty podatku jeszcze przed możliwością jego odliczenia w deklaracji VAT-7, co powoduje negatywne konsekwencje dla przedsiębiorców, wpływając na ich płynność finansową. Pewną poprawę płynności finansowej importerów przynosi rozporządzenie Ministra Finansów, obowiązujące od 1 stycznia 2006 r., które określa inny niż w ustawie o podatku od towarów i usług termin zapłaty podatku – 16 dzień od zakończenia okresu rozliczeniowego, nie później jednak niż termin złożenia deklaracji VAT-7. Powyższy termin ma jednak ograniczone zastosowanie, jedynie w przypadku objęcia importowanych towarów procedurą uproszczoną. Powyższe rozwiązanie jest krokiem naprzód do poprawy płynności finansowej importerów, jednak nadal nie dorównuje prostocie rozliczeń przyjętych w innych państwach UE, w których podatek VAT z tytułu importu towarów jest uwzględniany w deklaracji rozliczeniowej, co powoduje, że nie ma konieczności uiszczania należności z tytułu tego podatku, zanim stanie się on podatkiem naliczonym. Należy mieć na uwadze, że nie ma konieczności narażania się na negatywne konsekwencje finansowe związane z importem towarów, bowiem procedury importu można dokonać w innym niż Polska państwie członkowskim.