Skutkiem odstąpienia od umowy wzajemnej jest konieczność zwrotu wzajemnych świadczeń stron, które zostały poczynione do momentu rozwiązania umowy. Powyższy stan rodzi konieczność skorygowania faktur, dokumentujących np. dokonanie płatności zaliczkowych.
Strony bardzo często zastrzegają obowiązek zapłaty kary umownej związanej z niewykonaniem zobowiązania, celem uproszczenia ewentualnych rozliczeń odszkodowawczych. Niestety kwalifikacja wydatku związanego z koniecznością zapłaty kary umownej może rodzić wątpliwości w zakresie podatku dochodowego. Zapłatę pewnych rodzajów kar umownych wyłączają z traktowania jako kosztu uzyskania przychodów expressis verbis ustawy podatkowe i są to kary umowne i odszkodowania z tytułu wad dostarczonych towarów, wykonanych robót i usług oraz zwłok w dostarczeniu towaru wolnego od wad lub zwłok w usunięciu wad towarów albo wykonanych robót i usług. Należy zauważyć, że powyższe wyłączenie nie dotyczy np. nieterminowego wykonania robót czy też usług, bowiem kary umowne zastrzeżone za powyższe zdarzenia, powinny stanowić koszt uzyskania przychodu. Potwierdza to Ministerstwo Finansów w piśmie z dnia 5 maja 1997 r. (PO 3/MD-722-114/97), podobnie Urząd Skarbowy w Iławie w piśmie z dnia 25 sierpnia 2005 r. Nr PD/415-15/05. Poza powyższymi wyłączeniami, wymienionymi w art. 23 ust. 1 pkt 19 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych oraz art. 16 ust. 1 pkt 22 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, zapłata wszelkich pozostałych kar umownych wynikających z odstąpienia od umowy wzajemnej winna być traktowana jako koszt uzyskania przychodu. Niestety nie wszystkie organy podatkowe podchodzą w ten sposób do traktowania kar umownych z punktu widzenia podatków dochodowych. Niektóre urzędy wychodzą z założenia, że to na przedsiębiorcy spoczywa ryzyko prowadzenia działalności gospodarczej, dlatego nie można nieostrożnych decyzji kompensować podatkowo. Powyższą tezę przedstawił Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z dnia 13 grudnia 1996 r. (S.A./Łd 2683/95) w którym stwierdził iż :” Uznanie za koszt uzyskania przychodów kary umownej z tytułu odstąpienia od umowy – tak w celu zapobieżenia stracie (lub też jej zmniejszenia), jak również dla stworzenia warunków do zawarcia innej, być może korzystniejszej umowy, byłoby sprzeczne z przepisami prawa podatkowego (…) W obrocie gospodarczym występują przypadki, w których strona zmuszona jest odstąpić od umowy, aby zapobiec stracie mogącej wyniknąć z jej wykonania. Jest to kwestia ryzyka związanego z prowadzeniem działalności gospodarczej. Tego ryzyka nie można przenosić przy użyciu przepisów podatkowych na skarb państwa.”
Powyższe restrykcyjne podejście do kar umownych łagodzi wyrok NSA z dnia 27 stycznia 2003 r. (III S.A. 1652/01) w którym sąd przychylił się do stanowiska podatnika, że przedterminowe rozwiązanie umów najmu zmierzało do osiągnięcia wyższych przychodów spowodowanych m.in. przeprowadzeniem remontu. Reasumując powyższe, logicznym jest, że zerwanie umowy może prowadzić do zwiększenia zysków, a przynajmniej zmniejszenia strat finansowych przedsiębiorcy, wobec tego podejście organów podatkowych do nieuwzględniania jako kosztu podatkowego kar umownych nie powinno być restrykcyjne. Powyższa uwaga zyskuje na znaczeniu w obliczu nowelizacji ustaw podatkowych. Z dniem 1 stycznia 2007 r. zarówno w ustawie o podatku dochodowym od osób fizycznych jak i prawnych, definicję kosztu uzyskania przychodu, zgodnie z którą kosztem uzyskania przychodu jest nie tylko koszt poniesiony w celu uzyskania przychodu, ale również w celu zachowania albo zabezpieczenia źródła przychodów.