Zgodnie z art. 29 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług podstawą opodatkowania jest obrót, z zastrzeżeniem ust. 2-22, art. 30-32, art. 119 oraz art. 120 ust. 4 i 5. Obrotem jest kwota należna z tytułu sprzedaży, pomniejszona o kwotę należnego podatku. Kwota należna obejmuje całość świadczenia należnego od nabywcy. Obrót zwiększa się o otrzymane dotacje, subwencje i inne dopłaty o podobnym charakterze mające bezpośredni wpływ na cenę (kwotę należną) towarów dostarczanych lub usług świadczonych przez podatnika, pomniejszone o kwotę należnego podatku. Natomiast w myśl art. 111 podatnicy dokonujący sprzedaży na rzecz osób fizycznych nieprowadzących działalności gospodarczej oraz rolników ryczałtowych są obowiązani prowadzić ewidencję obrotu i kwot podatku należnego przy zastosowaniu kas rejestrujących. Z zestawienia przepisów wynika więc, że ewidencjonowaniu w kasie fiskalnej podlega również kwota refundacji za sprzedane leki. Pojawia się jednak problem z terminem wykazania podatku należnego w tej części, gdyż obowiązek podatkowy z tytułu refundacji powstaje z chwilą uznania rachunku bankowego podatnika (art. 19 ust. 21). Jednym z rozwiązań może być np. interpretacja Naczelnika Urzędu Skarbowego w Piekarach Śląskich, który w piśmie z dnia 2007.01.29 PP/443/1/2007 stwierdził, że specyfika ewidencjonowania sprzedaży poprzez kasę rejestrującą powoduje, że w miesięcznych raportach fiskalnych figuruje 100% wartości sprzedaży i należny od tego podatek od towarów i usług. Podatek należny na koniec miesiąca dotyczy więc zarówno kwot otrzymanych od klientów, jak i tych, które mają zostać zrefundowane przez NFZ. W związku z odrębnymi uregulowaniami i umowami zawartymi z Narodowym Funduszem Zdrowia apteki otrzymują zwrot części utraconych wpływów z tytułu stosowania obniżonych cen leków. Z uwagi na to, iż jest to dopłata związana ściśle z dostawą określonego towaru podlega ona opodatkowaniu podatkiem VAT. Jednakże zgodnie z art. 19 ust. 21 cytowanej ustawy obowiązek podatkowy z tytułu należnych na podstawie odrębnych przepisów dotacji, subwencji i innych dopłat o podobnym charakterze powstaje z chwilą uznania rachunku bankowego podatnika.W przypadku uznania rachunku bankowego podatnika zaliczką z tytułu dotacji, subwencji i innych dopłat o podobnym charakterze obowiązek podatkowy powstaje w tej części.
W świetle powyższych przepisów w odniesieniu do specyfiki ewidencjonowania sprzedaży leków na kasie rejestrującej, podatnik zobowiązany jest do obliczenia i odprowadzenia podatku VAT w dwóch momentach:
– w momencie sprzedaży leku, gdzie za podstawę opodatkowania należy przyjąć całość świadczenia należnego od nabywcy,
– w momencie wpływu na rachunek bankowy podatnika kwoty refundacji przyznanej przez Narodowy Fundusz Zdrowia.
W praktyce, gdy powstają trudności w omawianej kwestii i podatnicy decydują się na wcześniejsze wykazanie podatku należnego odnośnie dotacji powoduje to zaniżenie podatku za okresy, w których rzeczywiście powstał obowiązek podatkowy. Urząd jednak nie będzie miał podstaw do zastosowania 30% sankcji (art. 109 ust. 7 pkt. 2).