Obecnie w Polsce w odniesieniu do leków refundowanych obowiązuje system cen kontrolowanych.
Ceny urzędowe leków oraz marże są określane w drodze rozporządzenia przez ministra zdrowia w porozumieniu z ministrem finansów. Ceny i marże mają charakter maksymalny, a więc hurtownie i apteki mogą konkurować ze sobą obniżając owe marże i ceny oraz podejmując działania marketingowe jak np. programy lojalnościowe, rabaty itp. Wszystkie te elementy mają wpływ na cenę jaką płaci pacjent. Zależy ona jednak także od wielu innych czynników, jak np. metody sprzedaży i dystrybucji leków (Internet, sprzedaż tradycyjna), pochodzenie leku, poziom wydatków na marketing.
Z badań Eurostatu na temat cen leków jednoznacznie wynika, że w Polsce ich poziom jest na jednym z najniższych poziomów spośród państw Unii Europejskiej. Jednak od kilku lat maleje udział środków publicznych przeznaczanych na refundację medykamentów. Odbija się to na portfelach pacjentów.
Ministerstwo Zdrowia planuje więc zmianę obecnego systemu ustalania cen leków. Propozycje resortu
zmierzają w kierunku wprowadzenia cen i marż o sztywnym charakterze, ustalanych przez urzędników, którzy określą część dopłaty do leku oraz nienaruszalną stawkę marży hurtowej i detalicznej. W założeniu projektodawców miałoby to spowodować obniżenie cen leków oraz wyeliminować poszukiwanie przez pacjentów apteki, w której dany lek oferowany jest po najniższej cenie. Projekt ten może jednak naruszać konstytucyjną zasadę swobody działalności gospodarczej. Istnieje ryzyko, że pomysły ministerstwa mogą przynieść odwrotne skutki do spodziewanych. Najlepszą metodą na obniżenie cen lekarstw, jest wzmocnienie mechanizmów rynkowych. Im więcej zdrowego rynku i konkurencji, tym więcej tańszych
produktów leczniczych. Wprowadzenie na rynek większej liczby produktów, które pod względem terapeutycznym są sobie równoważne, wymusi obniżenie cen. To najlepsza droga do uzdrowienia systemu ustalania cen farmaceutyków. Zwracała na to ostatnio uwagę Komisja Europejska w raporcie wstępnym na temat ochrony patentowej produktów oryginalnych i dostępu do rynku dla produktów generycznych. Tych wskazówek Polska absolutnie nie powinna lekceważyć.