Od dłuższego już czasu kwestia podatku akcyzowego na energię elektryczną wzbudza spore emocje. Kontrowersje przez kilka lat budził art. 6 ust. 5 ustawy z dnia 23.01.2004r.o podatku akcyzowym, stanowiący: w przypadku energii elektrycznej obowiązek podatkowy powstaje z dniem jej wydania. Natomiast tzw. Dyrektywa energetyczna (tj. Dyrektywa Rady nr 2003/96/WE) w art. 25 ust. 1 nakazuje objęcie energii elektrycznej podatkiem, który staje się wymagalny w momencie dostawy przez dystrybutora lub redystrybutora. Zakreślony Polsce okres przejściowy do implementacji norm Dyrektywy upływał dnia 1.01.2006r. Jednak nadejście wskazanego terminu nie poskutkowało zmianą przepisów krajowych, to zaś spotkało się z reakcją Komisji Europejskiej. Ta dopatrując się sprzeczności Dyrektywy z ustawą akcyzową wezwała RP do dostosowania wewnętrznych przepisów do regulacji wspólnotowych tak, aby polskie normy w zakresie podatku akcyzowego odpowiadały celowi, który wynika z art. 25 ust. 1. Wskazanym celem tym jest zaś to, by energia elektryczna objęta była akcyzą w miejscu jej faktycznego zużycia, stąd obowiązek podatkowy nie powinien powstać wcześniej, niż w momencie dostarczenia energii ostatecznemu odbiorcy. Zamierzeniu temu – zdaniem Komisji – przeczyć miał art. 6 ust. 5 ustawy o podatku akcyzowym.
Brak ingerencji ustawodawczej ze strony RP skłonił Komisję złożenia skargi, mocą której zainicjowane zostało przeciwko Polsce postępowanie przed ETS. Dnia 12.02.2009r. Trybunał wydał wyrok, w którym podzielił stanowisko KE uznając, iż Polska uchybiła obowiązkowi dostosowania przepisów krajowych do standardów wspólnotowych.
Orzeczenie ETS przypieczętowało sukces twierdzących, iż opodatkowanie akcyzą producentów energii elektrycznej – jak nakazywała ustawa – po 1.01.2006r. było ze strony Państwa działaniem bezpodstawnym w świetle regulacji Dyrektywy 2003/96/WE. Jednakże producenci domagali się zwrotu pobranego od nich podatku jako nienależnego jeszcze przed wydaniem wyroku przez ETS, z czym zgadzały się polskie sądy administracyjne (zob. WSA we Wrocławiu – I SA/Wr 1830/07, w Lublinie – I SA/Lu 23/08, w Gliwicach III SA/Gl 105/08). We wskazanych orzeczeniach uznano, iż brak implementacji norm wynikających z Dyrektywy oraz wzajemne relacje dwóch porządku prawnych: wspólnotowego i krajowego, dają podstawę dla uwzględnienia roszczeń skarżących.
Pomimo niekorzystnego wyroku ETS wydaje się być przez Polskę podtrzymywana część argumentacji, którą prezentowano w postępowaniu przed Trybunałem. Choć nowa ustawa o podatku akcyzowym uwzględnia wspólnotowe wytyczne, to uwagę przyciąga opracowany przez Ministerstwo Finansów projekt (z dnia 31.07.2009r.) ustawy o zwrocie nadpłaty w podatku akcyzowym zapłaconym z tytułu sprzedaży energii elektrycznej w okresie od 1 stycznia 2006 r. do 28 lutego 2009r. Art. 4 ust. 1 tego aktu miałby brzmieć: „Nadpłatę zwraca się w wysokości podatku akcyzowego zapłaconego od sprzedaży części energii elektrycznej stanowiącej straty przesyłowe”. Wygląda więc na to, iż kontynuowany jest pogląd, zgodnie z którym energia elektryczna wydawana jest odbiorcom ostatecznym w czasie rzeczywistym, stąd moment jej wysyłu i odbioru są tożsame. Skoro więc Dyrektywa określa jedynie moment powstania obowiązku podatkowego, a osobę podatnika (i jak podkreślano w postępowaniu przed ETS skarga nie dotyczyła podmiotowego aspektu akcyzy, lecz jedynie punktu w czasie, z nastaniem którego zaistnieć ma obowiązek podatkowy) to opodatkowanie wytwórców energii nie nosi cechy bezprawności. Z uwagi jednak na fakt, iż akcyzą należy obłożyć jedynie energię, która rzeczywiście trafia do finalnego nabywcy, uwzględnia wymagają straty, które powstają przy jej przesyle. To właśnie uwzględnia projekt Ministerstwa.
Rozwiązania przyjęte we wskazanym projekcie zderzają się z roszczeniami producentów, którzy w oparciu o rozwiązania Dyrektywy domagają się pełnego zwrotu akcyzy zapłaconej w okresie styczeń 2006 – luty 2009. Czas pokaże która ze stron opiera swoje stanowisko na mocniejszych argumentach.