Do dnia 24 czerwca 2013 roku zmodernizowany kodeks celny ustanowiony Rozporządzeniem Parlamentu Europejskiego i Rady (WE) nr 450/2008 z dnia 23 kwietnia 2008 roku (Dz.U. L 145 z 4.6.2008, str. 1—64) winien zastąpić wspólnotowy kodeks celny (wspólnotowy kodeks celny ustanowiony Rozporządzeniem Rady (EWG) Nr 2913/92 z dnia 12 października 1992 roku (Dz.U. L 302, 19.10.1992, p.1 ze zm.). Oznacza to również zmiany w procedurach celnych.
Zmodernizowany kodeks celny (z.k.c.) przynosi szereg zmian odnośnie procedur celnych. W większości jednak chodzi raczej o uporządkowanie i zapewnienie większej spójności regulacjom, które już znalazły swoje miejsce w dotychczasowym wspólnotowym kodeksie celnym (w.k.c.). Dokonywanie zgłoszeń, składanie deklaracji i przetwarzanie danych w formie elektronicznej jest regułą zarówno obecnie, jak i na gruncie z.k.c. Została w nim wyraźnie uregulowana kwestia zasad mających zastosowanie w przypadkach, gdy organy celne dokonują zniszczenia towarów lub dysponują nimi w inny sposób, co uprzednio regulowały zapisy na szczeblu krajowym. Z.k.c. ustanawia wspólne i w zamierzeniu proste zasady w odniesieniu do procedur specjalnych, którymi zgodnie z kodeksem są tranzyt, składowanie, szczególne przeznaczenie, przetwarzanie. W tym celu właśnie pojęcie procedur specjalnych zostało wprowadzone do z.k.c. Pozostałe procedury to dopuszczenie do swobodnego obrotu oraz wywóz. Ułatwione zostało wydawanie pozwoleń dla kilku procedur specjalnych objętych jednym zabezpieczeniem w jednym urzędzie celnym, jak też zasady odnoszące się do powstającego w tych sytuacjach długu celnego. Wycena towarów objętych procedurą specjalną lub wytworzonych z nich produktów dokonywana jest w chwili powstania wspomnianego długu celnego. W ekonomicznie uzasadnionych przypadkach wycena towarów jest również możliwa w chwili obejmowania ich procedurą specjalną. Umieszczanie towarów w wolnych obszarach celnych, zgodnie z z.k.c., odmiennie niż to miało miejsce w w.k.c. stało się procedurą celną. W tym przypadku towary podlegają kontroli celnej w ramach wprowadzenia oraz ewidencji. W związku z faktem, że zamiar powrotnego wywozu nie jest już konieczny procedura uszlachetniania czynnego w systemie zawieszeń została połączona w z.k.c. z przetwarzaniem pod kontrolą celną, a procedura uszlachetniania czynnego w systemie ceł zwrotnych została zlikwidowana. Pojedyncza procedura uszlachetniania czynnego obejmuje w tej sytuacji również zniszczenie, z wyjątkiem przypadków, gdy jest ono przeprowadzane przez organy celne lub pod ich dozorem. Dodatkowo środki bezpieczeństwa stosowane w odniesieniu do towarów wspólnotowych wyprowadzanych z obszaru celnego Wspólnoty mają także zastosowanie do powrotnego wywozu towarów niewspólnotowych. Reguły odnoszące się do procedur specjalnych uregulowanych w z.k.c., mają umożliwiać wykorzystanie jednego, generalnego, zabezpieczenia dla wszystkich rodzajów procedur specjalnych oraz objęcie nim wielu transakcji. Na uwagę zasługuje też fakt, iż z.k.c. nie wyróżnia już pojęcia przeznaczenia celnego, co wynika z faktu, że dopuszczalne przeznaczenia celne zostały połączone z odpowiednimi procedurami celnymi.