Niezgodności wpisów w księdze wieczystej mogą dotyczyć stanu prawnego, jak też danych faktycznych.
Z pierwszą sytuacją mamy do czynienia jeżeli rzeczywisty stan prawny nieruchomości nie odpowiada temu ujawnionemu w księdze wieczystej. Chodzi o prawa i roszczenia wpisane w działach II – IV czyli wpisy dotyczące: własności i użytkowania wieczystego, ograniczonych praw rzeczowych (użytkowanie, służebność), innych praw i roszczeń oraz hipotek. Niezgodności mogą wynikać z dokonanych wpisów nieistniejącego prawa lub bez podstawy prawnej, jak również ze zmian stanu prawnego nieruchomości zachodzących pozaksięgowo czy też nieodnotowanych przez wpisy. Może się więc zdarzyć, że właściciel ujawniony w księdze wieczystej wcale nie jest właścicielem. Istotne jest wówczas zbadanie czy w księdze wieczystej wpisano ostrzeżenie o niezgodności stanu prawnego nieruchomości ujawnionego w księdze wieczystej. Gdy taki wpis został w księdze zamieszczony to sygnał dla nabywcy o wyłączeniu rękojmi wiary publicznej w zakresie objętym wpisem.
Dane faktyczne są ujawniane w dziale I-O i dotyczą oznaczenia nieruchomości, działki ewidencyjnej, budynku, lokalu wraz z położeniem oraz powierzchnią. Wpisy w tym dziale nie są objęte domniemaniem prawdziwości i mogą być sprostowane z urzędu albo na wniosek w trybie art. 626 13 k.p.c. albo – w razie niezgodności danych katastru nieruchomości z oznaczeniem nieruchomości- na podstawie art. 27 u.k.w.h. W praktyce przeważająca część sprostowań dokonywana jest jednak na wniosek właścicieli.
Sumując, przed zakupem nieruchomości powinniśmy zbadać księgę wieczystą nieruchomości zwracając szczególną uwagę na to czy zostały w niej wpisane: ostrzeżenie o niezgodności stanu prawnego ujawnionego w księdze wieczystej z rzeczywistym stanem prawnym nieruchomości, wzmianka o wniosku, o skardze na orzeczenie referendarza sądowego, o apelacji lub kasacji. Ostrzeżenie i wzmianki, o których mowa w zdaniu poprzednim, wyłączają bowiem rękojmię wiary publicznej ksiąg wieczystych, a zatem nie chronią nabywcy, który powinien się wstrzymać z przeprowadzeniem transakcji. Jeżeli nie wiemy czego dotyczy wzmianka- możemy taką informację uzyskać w sądzie wieczysto księgowym podając numer wzmianki znajdujący się w odpowiednim dziale księgi wieczystej.
W przypadku danych faktycznych (dział I-O) powinniśmy zbadać dokumentację geodezyjną (wpisy i wyrys z rejestru gruntów i budynków, wykaz zmian gruntowych). Możemy zwrócić się do nabywcy o przedstawienie aktualnej dokumentacji i porównać ją z danymi zamieszczonymi w księdze wieczystej. W przypadku rozbieżności w tym zakresie to właściciel powinien na swój koszt zainicjować postępowanie sądowe w celu ich usunięcia.