Relacje przedsiębiorców z fiskusem dalekie są nadal od pożądanego wzorca urzędu przyjaznego firmom. Dużo sporów pojawia się na tle stosowania ustawy VAT i CIT, a to ze względu na nieprecyzyjność wielu przepisów obu ustaw, częste zmiany norm podatkowych oraz ich niespójność. Skutkuje to niepewnością co do sposobu interpretacji praw i obowiązków podatników, szczególnie że interpretacje urzędów skarbowych w podobnych stanach faktycznych są często rozbieżne, zdarza się, że nawet w odniesieniu do tego samego podatnika. Częstym polem sporu są przepisy o terminach zwrotu VAT, zasadach kwalifikacji kosztów podatkowych, a także procedury przeprowadzania kontroli i czynności sprawdzających w firmach. Mimo ograniczenia liczby i czasu trwania kontroli niestety nadal zdarza się, że fiskus nie respektuje norm, których założeniem było wyeliminowanie przeciągających się, równolegle prowadzonych kontroli w firmach. Stosowanie, a raczej omijanie przepisów o ograniczeniu liczby i czasu trwania kontroli jest niedobrą tendencją w działaniu części urzędów skarbowych. Podobnie jest z przepisami o terminach wydawania rozstrzygnięć podatkowych; urzędy skarbowe nagminnie ich nie dotrzymują. Uciążliwy jest także dla przedsiębiorców rygoryzm organów podatkowych przy rozpatrywaniu wniosków o zawieszenie postępowań egzekucyjnych; urzędy skarbowe preferują kontynuację raz podjętej egzekucji co często prowadzi do negatywnych następstw dla przedsiębiorców nawet jeśli ostatecznie decyzja podatkowa okaże się wadliwa. Zagraniczni przedsiębiorcy nie mają niestety najlepszych doświadczeń i mniemania o polskim aparacie skarbowym. Zarzucają urzędnikom niekompetencję przy udzielaniu informacji (otrzymują często informacje sprzeczne lub niepełne), nadmierną biurokrację i przewlekłość w załatwianiu spraw, a także skomplikowany system podatkowy, niejasność polskich przepisów podatkowych, a także niejednolitość w stosowaniu tych norm przez urzędy podatkowe.