Czynności sprawdzające to odmienna od kontroli podatkowej procedura. W przeciwieństwie do kontroli podatkowej nie zmierzają bezpośrednio do wydania decyzji podatkowej orzekającej o prawach i obowiązkach podatnika, chociaż mogą prowadzić do wszczęcia samej kontroli podatkowej, jeżeli organ dokonując czynności sprawdzających natrafi na jakieś nieprawidłowości w rozliczeniach podatnika. Celem czynności sprawdzających jest co do zasady sprawdzenie terminowości składania deklaracji lub wpłacania zadeklarowanych podatków, sprawdzanie formalnej poprawności dokumentów, ustalenie stanu faktycznego w zakresie niezbędnym do stwierdzenia zgodności z przedstawionymi dokumentami. W ramach czynności sprawdzających może być przeprowadzona zasadność zwrotu podatku od towarów.
Jeżeli organ po przeprowadzonych czynnościach sprawdzających nie znajdzie żadnych uchybień w rozliczeniach podatnika, postępowanie sprawdzające kończy się bez wydania żadnego władczego rozstrzygnięcia (decyzji). Wobec braku rozstrzygnięcia sprawy co do istoty, w stosunku do podatnika, nie zaistniał stan powagi rzeczy osądzonej, zatem nie ma przeszkód, aby ponownie dokonać czynności sprawdzających nawet w tym samym zakresie co uprzednio. Takie działanie organu stałoby jednak w sprzeczności z zasadami ekonomiki procesowej. Jeżeli sprawa byłaby zakończona decyzją ostateczną, wszczynanie w tym samym zakresie czynności sprawdzających w stosunku do tego podatnika byłoby bezcelowe.